Desechos que puede que no sean físicamente adecuados para el equipo de estabilización, o que contienen contaminación orgánica (por ejemplo: bomba contaminada con lixiviado) puede ser manejado por macro-encapsulación. Este tipo de desechos son colocados en una caja HDPE no-degradable. El espacio vacío se elimina por la adición de materiales de estabilización que no se tienen que detener para pruebas u otros rellenos de espacio absorbentes no-degradables. El contenedor es después sellado permanentemente y de esta manera puede ser dispuesto en un confinamiento seguro.