La Micro-encapsulación se lleva a cabo en desechos en los que la “lixiviabilidad se reduce en los contaminantes peligrosos”. La Micro-encapsulación es similar al proceso de estabilización, pero es típicamente limitada a contaminación inorgánica (metales pesados) en desechos de formas geométricas simples. Durante la Micro-encapsulación, los contaminantes que se encuentran en la superficie son tratados químicamente para reducir la toxicidad utilizando catalizadores tales como el polvo de cal de hornos, cemento Portland, ceniza suelta o materiales similares. Siguiendo la micro-encapsulación, el residuo es colocado en un confinamiento seguro.